L'histoire de Perdiguier commence en 1375 lorsque Jean Perdiguier, trésorier général de Charles V en Languedoc, reçoit du roi les "fiefs de Maraussan et Villenouvette", dont faisait partie la bastide d'En Auger qui précéda le château sur le site. Quatre ans après, Perdiguier venu à Montpellier lever un impôt extraordinaire est assassiné, mais il a eu le temps de laisser son nom au château...Pendant tout le XVII et le XVIII siècle, la seigneurie passe successivement, par les femmes, dans les familles d'Arnoye, de Rouch, de Lort de Sérignan...c'est alors que la bâtisse connaît les modifications qui, les unes se rajoutant aux autres, lui donnent sa silhouette actuelle.
En 1793, le domaine est vendu comme bien national aux enchères.
Il est racheté ensuite, après la Révolution, par la famille Fernière.
A la fin des années 1960, menacé par un projet de route, et afin de bénéficier d'une protection, le Château de Perdiguier est classé Monument Historique.